Gozando de estatuto próprio, o MP está organizado como uma magistratura processualmente autónoma, em dois sentidos: no da não interferência de outros poderes na sua atuação, e no da sua conceção como magistratura distinta, orientada por um princípio de separação e paralelismo relativamente à magistratura judicial (artigos 219.º/2, CRP; 2.º/1, 75.º/1, Estatuto do Ministério Público/EMP). Essa autonomia define-se pela vinculação a critérios de legalidade e objectividade e pela exclusiva sujeição dos seus magistrados às diretivas, ordens e instruções previstas no EMP (artigo 2.º).